Il diario del professore è il registro delle indagini del professor Layton. Il giocatore può controllarlo ogni volta che vuole per ricordarsi gli avvenimenti precedenti, come modo alternativo alla ricapitolazione iniziale ogni volta che il gioco viene riacceso.
Nella Maschera dei Miracoli, il professore ha un diario sia per il presente, sia per il passato.
Il Professor Layton e la Maschera dei Miracoli[]
Presente[]
L'indagine ha inizio[]
In risposta alla lettera di una vecchia amica ho raggiunto la città di Montedore, costruita in mezzo a un arido deserto. Subito dopo essere entrati in città, Emmy ci ha lasciato per condurre delle indagini per conto suo. Nel frattempo, io e Luke andremo a vedere il carnevale. In città è difficile circolare in auto, quindi dovremo abbandonare per un po' la Laytonmobile, anche se mi spiace. Comunque, siamo molto curiosi di sapere che cosa succederà adesso.
Lo spettacolo del carnevale[]
Si direbbe che siamo arrivati a Montedore giusto in tempo per assistere all'inizio della parata. La città è un'autentica meraviglia ed è incredibile che solo diciotto anni fa qui non sorgesse altro che una piccola locanda. A giudicare dalla folla, è chiaro che moltissime persone si sono trasferite qui. Le dimensioni della comunità locale mi lasciano esterrefatto. Abbiamo deciso di gustarci lo spettacolo principale, che inizierà a breve, ma non prima di aver aiutato un pagliaccio in difficoltà.
La folla pietrificata[]
Un urlo dal centro della parata ha gettato la folla festante nel panico più completo. I testimoni gridavano di aver visto delle persone trasformarsi in pietra. Ci siamo precipitati sul luogo dell'incidente e, in effetti, c'erano delle statue così realistiche da sembrare persone pietrificate. Subito dopo, uno strano figuro con una maschera è apparso e si è dichiarato responsabile del gesto, che ha definito "miracolo". Si è poi dato alla fuga e noi abbiamo deciso di inseguirlo.
Caccia al Gentiluomo[]
Abbiamo inseguito a cavallo il Gentiluomo mascherato, come lui stesso si è definito, ma non siamo stati all'altezza delle sue abilità aeree. Ritengo che il miracolo a cui abbiamo assistito sia uno degli "avvenimenti terrificanti" che Angela menzionava nella sua lettera. Grazie alle sue indagini, Emmy ha scoperto che il Gentiluomo mascherato compie simili da settimane. Per farci un'idea chiara della situazione, non ci resta che parlare di persona con Angela.
Il museo è chiuso[]
Dopo esserci imbattuti in un vecchio amico, che some sempre si è rivelato prodigo di consigli, abbiamo proseguito in direzione del padigilione. Tra i resti della parata abbiamo trovato un pallone a forma di pagliaccio piuttosto malconcio. Sembrava quasi singhiozzasse in preda all'autocommiserazione, ma a piangere era invece una bambina smarrita. Non potevamo certo allontanarci senza aiutarla. Dopo aver ritrovato sua madre, siamo passati davanti a un museo, che però era chiuso.