Professor Layton en de Verloren Toekomst is het derde spel van de Professor Layton serie, en chronologisch gezien tevens het laatste spel van de serie. Het spel speelt zich af na de gebeurtenissen in Professor Layton en de Doos van Pandora en wordt opgevolgd door Professor Layton en de Melodie van het Spook.
Professor Layton ontvangt een brief van iemand die beweerd Luke Triton van de toekomst te zijn. Samen met de jongere Luke trekt hij naar de Klokken winkel op Midland Road, waar hem een grote verassing te wachten staat.