Puzzels zijn het centrale element van de spellen in de Professor Layton serie. Elke puzzel is uniek en dus een nieuwe uitdaging voor Professor Layton (of de speler). Sommige puzzels kunnen wel een gemeenschappelijk thema hebben.
Hoewel de meeste puzzels kunnen worden overgeslagen is het toch aan te raden om zo veel mogelijk puzzels op te lossen. Een eerste reden is voor het verzamelen van Picarats om bonussen vrij te spelen. Daarnaast zijn er een aantal vaste punten in elk spel waarop een vast aantal puzzels moet opgelost zijn om verder te kunnen gaan.
Als een puzzel te moeilijk blijkt, kunnen er hints worden bekeken. Dit kost echter een hintmuntje (of soms twee).
Aantal puzzels 
Edit
| Spel | In Verhaal | Downloadbaar | Totaal |
|---|---|---|---|
| Professor Layton and the Curious Village | 135 | 27 | 162 |
| Professor Layton en de Doos van Pandora | 153 | 33 | 186 |
| Professor Layton en de Verloren Toekomst | 168 | 33 | 201 |
| Professor Layton en de Melodie van het Spook | 170 | 33 | 203 |
| Professor Layton en het Masker der Wonderen | 150 | 365 | 515 |
